La date de la fondation de cette abbaye date du XII° siècle.
En 1153, les moines de l’Abbaye de Jouy possèdent des biens dans la région de Romilly, notamment, la ferme de Malminoux, et des terres et des prés à Saint-Hilaire. Henri de Carinthie, évêque de Troyes, entre 1146 et 1169, pour aider au repos de l’âme de sa mère et de ses aïeux, fait don à Renaud, abbé du bois de Jouy, et à ses religieuses, de tout ce qu’il possède à Malminoux, entre Bocenay et Pont-sur-Seine.
Vers 1155, les moines de Jouy achètent quelques terres sur le finage de Saint-Hilaire. Ces derniers, appartenant à l’abbaye de Molème, craignent que les Bénédictins, excellents agriculteurs se fixent sur les immenses prairies arrosées par la Seine, favorables à l’élevage du bétail. Ainsi pourrait naître, dans l’avenir, une redoutable concurrence. Afin d’écarter cette suspicion, les Bernardins de Jouy s’engagent à ne plus rien acquérir sur le territoire de St-Hilaire. En retour, les moines de Molème déclarent renoncer à toutes les redevances auxquelles le Prieur de St-Hilaire peut prétendre sur les terres qu’achèteraient éventuellement les Bernardins à Malminoux.
Les Seigneurs de Romilly installent sur leur domaine quelques uns de ces moines. Les religieux s’établissent en pleine vallée de la Seine, sur un terrain environné d’eau, appelé Île. A cette époque les ponts sont fort rares, d’où la nécessité, pour accéder à l’emplacement destiné au nouveau monastère, de faire usage de seilles ou bacs, placés sur les différents bras des rivières voisines. De là vient le nom d’île des Seilles, bientôt attribué à la contrée, et c’est ainsi que la Maison conventuelle reçoive l’appellation de Notre-Dame de Seillières.
Peu après 1179, appréciant les efforts déployés par les monastères en faveur des progrès de l’agriculture, le Comte de Champagne Henri le Libéral, augmente à son tour, la dotation de Seillières. Il fait donation des rentes à prélever sur le domaine de Malminoux et il abandonne à la Communauté une partie de sa terre de Minay. En même temps, il approuve le don, consenti par Hugues de Romilly, d’une autre partie de Minay. Enfin, le Comte amortit tout ce que l’Abbaye possède ou pourra posséder dans sa mouvance et il certifie, qu’en sa présence, Hugues de Romilly et son frère Eudes reconnaissent à l’Abbaye le droit de faire paître ses troupeaux sur leur domaine, et de pêcher dans tous les cours d’eau.
L’année suivante, Hilduin de Minay vend aux religieux de Seillières une maison sise à Minay. Cette vente, ratifiée par le Comte Henri, marque l’origine de la Grange de Minay, dont l’importance s’accroîtra, peu à peu, ou par acquisitions, ou par de nouvelles donations.
En 1180, on peut considérer comme définitive la fondation de Notre-Dame de Seillières. Les religieux s’habillent primitivement en bure noire. Ensuite, ils portent des vêtements de laine naturelle de couleur plutôt grise. Mais, à partir de 1270, la couleur grise étant réservée aux frères convers pour les distinguer, les moines de Seillières adoptent l’habit blanc. Ils portent d’abord la longue barbe, plus tard, on les enjoint de se raser 9 fois par an, puis 12 fois, et enfin chaque quinzaine. En même temps, ils pratiquent la coupe des cheveux et la tonsure. Les convers gardent constamment la barbe.
Depuis le Concordat de 1516, les rois de France lèvent avec régularité et sévérité, chaque année, des taxes spéciales sur les biens du clergé. Voilà pourquoi se précise inexorablement la décadence de Seillières.
Avec le XVIII° siècle, l’importance numérique de la Communauté se réduit de plus en plus : en 1648, 3 moines, en 1728, le Prieur, 1 moine et 4 domestiques, en 1768, 2 religieux. En conséquence du manque de main d’œuvre ecclésiastique, la location des terres de Seillières se poursuit nécessairement, et se traduit par la signature de nombreux baux.
Les formalités de vente des biens nationaux s’échelonnent au cours de l’année 1790. Le domaine de Seillières se trouve compris dans la liste des adjudications éventuelles. D’abord les moines sont expulsés, puis c’est la vente des bâtiments et des terres de l’Ile de Seillières le 3 mai 1791.
A la suite de ces décisions révolutionnaires, le domaine de Seillières change plusieurs fois de propriétaires. En 1905, la propriété devient possession du Duc de Levis Mirepoix, Grand d’Espagne, et en 1954, le château et son parc, la ferme et le moulin sont cédés au Docteur Graffin, chirurgien à Romilly qui le cède plus tard à des Hollandais.
C'est dans cette abbaye que Voltaire fut inhumé (voir Translation de Voltaire).
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